孙传廷攻拔唐县
崇祯癸未年（公元1643年）五月，朝廷下诏令孙传廷火速剿灭贼寇。六月十五日丁丑，朝廷设立赏格，悬赏万金并封通侯之爵以购买李自成首级；对于张献忠，悬赏五千金并授予官至极品、世代袭任锦衣指挥的待遇，其余贼首赏金各有不同。同时晋升孙传廷为兵部尚书，总揽剿贼军务，继续总制三边（即延绥、宁夏、甘肃三边重镇）军事，特铸总师七省之印以彰显其职权。
九月八日己亥，孙传廷率军挺进汝州，李自成封的伪都督李养纯率部投降。孙传廷得知贼寇集中兵力防守宝丰，于是决定进攻宝丰。十一日壬寅，李自成前来救援，白广恩、高杰等将领成功击退贼军。孙传廷认为：“宝丰若不能迅速攻克，而贼寇援军大举而来，我军将面临腹背受敌之困。”于是亲率诸军全力攻城，成功攻破宝丰，斩杀伪州牧陈可新等数十人，随后挥师直捣唐县。当时贼寇家眷大多聚居于唐县，贼军派出精锐骑兵救援，但官军已抢先入城，将贼寇家眷悉数杀戮，贼营中一片哀嚎，贼众发誓要报复官军。
自官兵与贼寇交战以来，有三桩大快人心之事：一是擒获高迎祥，二是射伤李自成的眼睛，三是屠杀贼寇家眷。这三件事中，孙传廷亲自参与了两件。尽管后来他在潼关遭遇大败，但这两项赫赫战功仍不可磨灭。然而，李养纯的投降实为通敌之始，古人云“受降如受敌”，为何轻易相信而导致败局呢
孙传廷逐李自成
孙传廷攻克唐县后，于壬寅日自朱仙镇向南进发，途中遭遇连续六日大雨，粮车每日仅能行进三十里，士兵和马匹皆处于饥饿状态，有人劝其率军返回以就地获取补给。孙传廷说：“军队已经出发，即使现在回去也会挨饿，应当攻下一县以就地取得食物。”十三日甲辰，孙传廷部攻占陕县，但该县仅有贫困百姓，只能搜集到二百余头骡羊，瞬间就被吃光。此时，李自成率万余步骑前来迎战，官军前锋斩断了李自成的帅旗，继续追击，迫使李自成逃往襄阳。
孙传廷汝州大败
崇祯癸未年（公元1643年）九月，连日大雨，孙传廷军中粮食匮乏。二十一日壬子，军队在汝州发生哗变，投降的盗贼暗中与李自成交通。二十二日癸丑，李自成率领精锐骑兵大举进犯，官军与其交战，陷入贼军埋伏之中，贼军乘势猛烈攻击，官军大败。李自成率大军疾速追击，一日之内追逐官军四百里，致使官军死亡四万余人，丢失大量军资。孙传廷虽出身将门，但不善用兵，喜好夸夸其谈，九边的精锐部队尽数归其指挥，且占据潼关之险要。李自成欲引诱其出关决战，每每战斗时都隐藏精锐，驱赶难民充当先锋，因此官军多有斩获。孙传廷因此愈发骄傲自负，屡次上疏报捷，并声称有从贼军中逃回者，称贼军闻其名皆惊慌溃散，自己誓将扫清贼寇，不让皇帝为此忧虑。
皇帝信以为真，召集群臣，出示孙传廷的奏疏。兵部侍郎张凤翔独言贼军素来狡猾多诈，示弱不可轻信，且孙传廷所统皆为良将精兵，不如为皇帝保留这支精锐，皇帝便目光严厉地看着他。群臣揣摩上意，争相请求命孙传廷进剿，结果果然大败。于是皇帝削去孙传廷官职，充为从事官，令其扼守潼关，提升白广恩为陕西总兵官，率兵援助剿贼。进士程源上疏言，消灭大寇必须进行大规模行动，集合数十万之众，从四面八方同时进攻，明确谁负责支援、谁负责牵制、谁负责突击，步步相接，使贼军疲于奔命，无暇救援，然后再一举将其擒获，恳请皇帝敕令孙传廷凭关固守，不要轻率出战。奏疏呈上，但皇帝未予理会。
连日大雨导致粮食短缺，天时与人事皆可知，但传闻岳家军遭遇敌军时镇定自若，难以动摇。历史上从未有过一日行军数百里的例子。即便李自成敢于疾速追击，也是因为他深知官军缺乏纪律。否则，他怎会不怕陷入伏击呢当年秋天，马世奇主持武举考试，其策略云：“敌军的情况对我而言如同浓雾，而我军的情况在敌军眼中则如同明亮火炬。”说的就是这种情况。因粮食短缺导致军中哗变，此时已自乱阵脚，其实不用等到盗贼通敌就可能已经败亡了。
此前所记载的官军战胜贼军，或斩首数十人，或数百乃至千余人而已，即使追击，也不过数十里而已。以数万乃至数十万的贼军，仅斩杀齐总千百人，又怎能决定胜负更何况未必能杀掉贼军精锐，或许是拿良民冒充战功呢此次一败涂地，官军一日之内奔逃四百里，死亡四万余人，何以胜负相差如此悬殊，远近差距如此之大军队实力与贼军形势、强弱胜负，由此便可看出。